(1)微生物菌剂。指目标微生物(有效菌)经过工业化生产扩繁后加工制成的活菌制剂，它具有直接或问接改良土壤、恢复地力，维持根际微生物区系平衡，降解有毒、有害物质等作用;应用于农业生产，通过其中所含微生物的生命活动，增加植物养分的供应量或促进植物生长、改善农产品品质及农业生态环境。微生物菌剂按内含的微生物种类或功能特性可分为根瘤菌菌剂、固氮菌菌剂、解磷类微生物菌剂、硅酸盐微生物菌剂、光合细菌菌剂、有机物料腐熟剂、促生菌剂、菌根菌剂、生物修复菌剂等。

(2)复合微生物肥料。指特定微生物与营养物质复合而成，能提供、保持或改善植物营养，提高农产品产量或改善农产品品质的活体微生物制品。

微生物菌剂里面单纯的就是活菌制剂，里面没有其他营养物质（N+P2O5+K2O，中微量元素，生物菌体蛋白，有机质，活性炭，活性钙，腐殖酸等），这是微生物菌剂于微生物肥料的明显的区别。微生物菌剂里面的菌种纯度高，有效活菌数含量≥50亿/克。微生物肥料一般是有效活菌数≥2000万/克。

(3)生物有机肥。指特定功能微生物与主要以动植物残体(如畜禽粪便、农作物秸秆等)为原料并经无害化处理、腐熟的有机物料复合而成的一类兼具微生物肥料和有机肥效应的肥料。发挥了生物菌"解"的作用，本身又供应了各种营养，是生物菌应用上的一大进步。

微生物菌剂功能：

1、提高产量。实践证明，微生物菌剂特定的肥料效应不仅为农作物提供营养元素，其有效菌还能分泌赤霉素、细胞分裂素、生长素等活性物质，刺激、调节、促进作物的生长发育，有利于农作物增产。 
  2、改善品质。微生物菌剂能有效地改善农产品品质。实践证明，施用微生物肥料收获的农产品，蛋白质、糖分、维生素、氨基酸等有益成份含量明显提高，籽粒、果实丰满光滑，蔬菜果品色泽亮丽，既好吃又好看，价值还高。有的微生物肥料产品，还可以减少硝酸盐的积累，提高农产品的安全性。 
  3、增强作物的抗逆性能。大多微生物菌剂中的有效菌，具有分泌抗生素类物质和多种活性酶的功能，能抑制或杀死致病菌，降低病害发生及增强作物的抗逆性，如可增强农作物的抗旱、耐寒、抗倒伏、防病及抗盐碱能力，同时还能有效预防作物生理性病害的发生。